Hiljuti avastasin midagi hämmastavat!Paljud edasijõudnud katsespetsialistid tema ümber ei tea isegi mõningaid väga elementaarseid eksperimentaalseid teadmisi.

Kas saate näiteks vastata järgmistele küsimustele?

Kas OD260 ja A260 vahel on vahet?Mida igaüks neist tähendab?
OD on optilise tiheduse (optilise tiheduse) lühend, A on neeldumise (neeldumise) lühend, need kaks mõistet on tegelikult samad, "optiline tihedus" on "neeldumine", kuid "optiline tihedus" on kooskõlas enamiku riiklike standarditega ja rohkem standarditud.

Tavaliselt mõõdame nukleiinhappe kontsentratsiooni arvutamiseks OD väärtust 260 nm juures, mida siis 1OD tähistab?
Nukleiinhappe maksimaalne neeldumispiik on lainepikkusel 260 nm, mis sisaldab nii DNA-d kui RNA-d, aga ka fragmenteeritud nukleiinhappefragmente (see on võtmepunkt).
Lainepikkusel 260 nm mõõdetud OD väärtus registreeriti kui OD260.Kui proov on puhas, saab OD260 väärtuse abil arvutada nukleiinhappeproovi kontsentratsiooni.
1 OD260 = 50 μg/ml dsDNA (kaheahelaline DNA)
=37 μg/ml ssDNA (üheahelaline DNA)
=40 μg/ml RNA
=30 μg/ml dNTP-sid (oligonukleotiide)
Kas RT-PCR, Realtime-PCR ja QPCR vahel on seos ja erinevus?
RT-PCR on pöördtranskriptsiooni PCR lühend
Real Time PCR = qPCR, lühend sõnadest Quantitative Real Time PCR
Kuigi reaalajas PCR (reaalajas fluorestsents-kvantitatiivne PCR) ja pöördtranskriptsiooni PCR (pöördtranskriptsiooni PCR) näivad olevat mõlemad lühendatud kui RT-PCR.Kuid rahvusvaheline konventsioon on järgmine: RT-PCR viitab konkreetselt pöördtranskriptsiooni PCR-ile.

Millised on tavaliselt kasutatavad nt, bp ja kb DNA/RNA pikkuse kirjeldamiseks bioloogias?
nt = nukleotiid
bp = aluspaar aluspaar
kb = kilobaas

Muidugi võiks öelda, et paljud inimesed ei hooli nendest pisidetailidest!Kõik teevad seda ja keegi ei küsi sinult, mis see on.Sa tead, et see on tarbetu, eks?

Ei, ei, ei, seda on väga vaja teada!mille pärast?
Sest sa tahad artiklit postitada!vend!Olenemata sellest, kas pürgite kooli lõpetamisele või taotlete teadusuuringute saavutusi, peate kõnelemiseks tuginema artiklitele!

Nukleiinhappe ekstraheerimine peaks olema kõige lihtsam ja elementaarsem katse.Nukleiinhapete ekstraheerimise kvaliteet määrab otseselt järgnevate katsete tulemused.

Kuigi olen seda korduvalt öelnud, on ikka palju sõpru, kes ei hooli.Seekord otsustasin artiklist välja kolida!

Minimaalne teave kvantitatiivsete reaalajas PCR-katsete avaldamiseks, millele viidatakse kui MIQE, on rahvusvaheliselt käivitatud fluorestsentsi kvantitatiivsete katsete juhiste kogum, mis pakub välja minimaalsed standardid eksperimentaalse teabe jaoks, mis on vajalik fluorestsentsi kvantitatiivsete PCR-katsete hindamiseks ja artiklite avaldamiseks.Läbi eksperimenteerija pakutavate katsetingimuste ja analüüsimeetodite saavad retsensendid paremini hinnata uurija katseskeemi paikapidavust.

On näha, et nukleiinhapete ekstraheerimise osas on välja pakutud järgmised tuvastamiselemendid:

"E" tähistab teavet, mis tuleb esitada, ja "D" tähistab teavet, mida tuleks vajadusel esitada.

Vorm on väga keeruline, tegelikult tahan öelda, et kõik peavad alustama

puhtus (D), saagis (D), terviklikkus (E) ja konsistents (E), et hinnata nukleiinhappeid nendes neljas aspektis.

Eksperimenteerimisharjumuste kohaselt räägi kõigepealt puhtuse ja kontsentratsiooni hindamismeetoditest.

OD mõõtmine on eksperimenteerijate lemmik ja lihtsaim tuvastamismeetod.Mis puutub põhimõttesse, siis ma ei hakka siin detailidesse laskuma.Paljud laborid kasutavad nüüd nukleiinhappeproovide otseseks kvantitatiivseks analüüsimiseks ultra-mikrospektrofotomeetreid.Neeldumisväärtuse kuvamise ajal annab programm otse kontsentratsiooniväärtuse (nukleiinhape, valk ja fluorestsentsvärv) ja sellega seotud suhted.Mis puutub OD väärtuse analüüsi, siis salvestage see pilt ja kõik on korras.

Universaalne OD väärtuse lahenduste loend

Siiski on mõned hoiatused, mis tuleb teie jaoks eraldi välja tuua.

(Lõppude lõpuks ma tean, et teie peate olema need, kes säästavad ja ootavad, kuni neid vajate!)

Märkus 1 Varustus

OD väärtust mõjutavad erinevad seadmed.Kuni OD260 on teatud vahemikus, on OD230 ja OD280 väärtused olulised.Näiteks tavalise Eppendorf D30 neeldumisvahemik 260 nm juures on 0 ~ 3 A ja Thermo NanoDrop One on 260 nm.Neelduvusvahemik 0,5–62,5 A.

Märkus 2Lahjendusreaktiiv

OD väärtust võib mõjutada erinevate reaktiivide lahjendamine.Näiteks puhastatud RNA OD260/280 näit pH-s7,5 10 mM Trispuhver on vahemikus 1,9-2,1, samas kui sisseneutraalne vesilahussuhe on väiksem, võib-olla ainult 1,8-2,0, kuid see ei tähenda, et RNA kvaliteet muutuks Erinevus.

Märkus 3Jääkained

Jääkainete olemasolu mõjutab nukleiinhapete kontsentratsiooni mõõtmise täpsust, mistõttu tuleb nukleiinhappeproovides võimalikult palju vältida valgu, fenooli, polüsahhariidi ja polüfenooli jääke.

Kuid tegelikult on orgaaniliste reaktiividega ekstraheerimine vana meetod.Kaubanduslikes komplektides saab ekstraheerimisefekti saavutada ränidioksiidil põhineva adsorptsioonikolonni abil, mis on kombineeritud tsentrifuugimisega, vältides mürgiseid ja kahjulikke orgaanilisi reaktiive, mida on raske eemaldada jne. Probleem, naguForegene nukleiinhapete ekstraheerimise komplekt, ei kasuta kogu operatsiooni vältel DNaasi/RNaasi ega toksilisi orgaanilisi reaktiive, kiire ja ohutu, jaefekt onhea(kogemata ütles, et see oli kiilas, aga ma tean, et sa tahad teada).

Näide 1: Genoomse DNA ekstraheerimise saagis ja puhtus

Foregene Soil DNA Isolation Kit (DE-05511) töötleb erinevatest allikatest pärit mullaproove ning saadud genoomse DNA kogus ja puhtus on näidatud järgmises tabelis:
Näide 2: Koe RNA ekstraheerimise saagis ja puhtus

Animal Total RNA Isolation Kit (RE-03012) töötles erinevaid koeproove ning saadud RNA kogus ja puhtus on näidatud allolevas tabelis (hiire koe puhul):
Kuid ärge arvake, et olete OD väärtusega lõpetanud.Kas peate hoolitsema põhipunktide eest, mille ma teile esiküljel joonistasin?

Märkus

Fragmenteeritud nukleiinhappemolekulid arvutatakse ka neeldumise põhjal.Eeldades, et teil on RNA-s genoomse DNA jääke, näib teie OD väärtus olevat väga kõrge, kuid RNA tegelikku kontsentratsiooni ei saa kindlaks teha.Kas teie RNA on Ei ole selge, kas lagunemine toimub, seega vajame täpsema hinnangu andmiseks siiski kõikehõlmavat hindamismeetodit, st MIQE-s mainitud nukleiinhappe terviklikkuse hindamist.